二戰後，1945年國民政府接收臺灣，成立臺灣省行政長官公署，依據法令，調整地方制度，各行政機關派遣州廳接管委員會接管，臺北市各機關則由臺北市政府辦理。由於二戰結束後的政治理念變化極大，日本時代所遺留的廳舍大多更改原先用途，民國三十四（1945）年十月二十五日，原臺北州廳舍由臺北市辦理接收後，交由臺灣省行政長官公署規畫。由於原臺灣總督府於二戰末期遭受轟炸，損毀多處，不堪使用，臺灣省行政長官公署無法選擇該處辦公，退而求其次，乃將原臺北市役所廳舍（今行政院廳舍，位於當時中正路北側）及對街的原臺北州廳舍（位於當時中正路南側）合併，共同為當時台灣最高行政機關的辦事處，兩者距離相近，合併面積始足堪使用。由於臺北市役所廳舍較新，昭和十二（1937）年完工，且是ＲＣ構造，樓地板面積也較廣，處處都比臺北州廳舍大而堅固，因此臺灣省行政長官公署主要辦公處所以原臺北市役所廳舍為主，而臺北州廳舍則為教育處及衛生處的共同辦公處所。民國三十六（1947）年五月，臺灣省行政長官公署改組為臺灣省政府，教育處改為教育廳，衛生處名稱不變，仍在原處辦公。由於當時兩棟廳舍都屬於臺灣省政府，因此以使用機關的名稱命名，臺北州廳舍與臺北市役所舊址，合稱「省府大廈」，臺北市役所舊址稱北棟，臺北州廳舍稱南棟。後衛生處遷出，建設廳移入，仍然合併辦公。
民國四十六（1957）年六月，中華民國政府為疏散中央與地方各行政機關，乃將臺灣省政府遷移到南投縣中興新村，原臺北州廳舍遂改為臺灣省政府臺北連絡處。旋因行政院入駐原臺北市役所，對街的原臺北州廳舍就歸畫為監察院辦公處所，省府連絡處遷移，原臺北州廳舍從民國四十七（1958）年八月改為監察院廳舍至今。
民國八十四（1995）年三月二十八日，臺北市市政會議通過民政局提列三十處歷史性建築為古蹟，其中包括監察院廳舍，評定等級為最高級的第一級，與總統府、省立博物館等相同；民國八十七（1998）年七月三十日，經內政部公告指定「總統府」、「監察院」、「行政院」、「臺北賓館」、「司法大廈」同為國定古蹟。